Les funcions principals de la Comissió de la mútua dels empleats són:
a) D’acord amb l’establert a l’article 6 de la Llei de mesures de reactivació econòmica aprovada el 18 de desembre del 2008, la Comissió de la mútua dels empleats ha d’elevar al Govern una proposta de reglamentació de la mútua sota els principis de transparència, eficàcia, solidaritat i equilibri econòmic i financer, que haurà de ser aprovada abans del 31 de març del 2009. Si en aquesta data, la mútua no està reglamentada, la comissió de la mútua dels empleats revisarà mensualment els comptes de la mútua per assegurar-ne l’equilibri econòmic i financer, variant les cotitzacions si escau amb caràcter vinculant pels mutualistes.
b) Elevar al Govern amb caràcter vinculant, propostes d’acord sobre els drets i obligacions dels mutualistes, les seves cotitzacions i les prestacions corresponents i el model de gestió, per ser aprovades en els termes que prevegi la reglamentació de la mútua.
c) Analitzar anyalment les dades de la situació dels comptes de la mútua i de les baixes dels empleats de l’Administració general i de l’Administració de justícia.
d) Vetllar per l’equilibri econòmic i financer de la Mútua dels empleats i controlar que no hi hagi dèficit entre les aportacions dels mutualistes i les despeses generades incloent-hi els costos de la seva gestió. Aquests costos no podran en cap cas superar el 5% de les aportacions dels mutualistes.
e) Qualsevol altra que li sigui atribuïda per les lleis o pels reglaments.
f) Igualment, la Comissió de la mútua dels empleats ha de posar a disposició dels mutualistes un balanç d’activitats en acabar cada any natural.