Són funcions del Comitè Director de l’AQUA:
1. Aprovar les prioritats estratègiques de l’AQUA.
2. Aprovar el programa d’activitats, prenent com a base la consecució dels objectius i les funcions previstos en aquesta Llei.
3. Aprovar el pressupost de l’AQUA i fer el seguiment del pressupost atorgat pel Consell General.
4. Aprovar la memòria d’activitats anual.
5. Aprovar i modificar, si escau, el reglament de funcionament intern de l’AQUA.
6. Proposar la creació, modificació o supressió de taxes i preus públics.
7. Autoritzar la signatura de convenis amb institucions, tant nacionals com internacionals, i ratificar els convenis ja signats.
8. Atribuir a la persona que dirigeix l’AQUA les funcions necessàries per al correcte desenvolupament de les accions que es proposin. Això comprèn l’autorització per a la gestió econòmica de la institució, que integra l’habilitació per incórrer en cert nivell de despesa.
9. Instar la persona que dirigeix l’AQUA a exercir tota mena d’accions, recursos i reclamacions judicials i administratives en defensa dels drets i els interessos de l’Agència de Qualitat de l’Ensenyament Superior d’Andorra.
10. Designar, nomenar i cessar els membres del Consell Assessor i de la Comissió d’Avaluacions de l’AQUA.
11. Aprovar el codi ètic de l’AQUA i les posteriors modificacions que es puguin produir.
12. Proposar i nomenar una persona amb títol de doctorat que, preferentment, formi part del personal tècnic de l’AQUA, per substituir temporalment la persona directora de l’AQUA. en cas d’absència per motius de malaltia, causa de força major o altres circumstàncies que impedeixin l’exercici normal de les seves funcions, fins que es resolgui la nova convocatòria pública o s’incorpori la persona directora de l’AQUA.
13. Aquelles altres funcions necessàries per a la correcta gestió i desenvolupament de l’activitat de l’AQUA.