1. L’Agència de Qualitat de l’Ensenyament Superior d’Andorra es finança amb les partides pressupostàries que cada any estableixi per al seu funcionament el pressupost del Consell General. També pot rebre recursos derivats de l’exercici de les seves funcions, dels eventuals rendiments derivats dels propis béns o drets, de subvencions o donacions d’entitats públiques i privades i de persones físiques o jurídiques particulars, així com de qualsevol altre font d’ingressos que guardi relació amb la seva activitat o funcions.
2. Correspon al Tribunal de comptes la fiscalització externa de la gestió econòmica, financera i comptable de l’AQUA.
3. La intervenció del Consell General, d’acord amb les seves normes reguladores, fiscalitza tots els actes, documents i expedients amb incidència sobre les finances de l’AQUA, la qual ha d’ajustar la seva comptabilitat al règim de comptabilitat pública preveient un règim intern de signatura mancomunada en la gestió de fons.
4. La fiscalització només té en compte la legalitat dels precedents financers i no l’elecció de les prioritats en l’execució del mandat.