Els pagaments a compte previstos als articles 45 i 45 bis es dedueixen de la quota de liquidació per obtenir la quota diferencial. Quan, per efecte dels pagaments a compte esmentats, la quota diferencial sigui negativa, el ministeri encarregat de les finances ha de retornar l’excés. Quan es tracti de transmissions amb preu ajornat segons l’apartat 3 de l’article 19, l’import del pagament a compte efectuat d’acord amb l’article 45 bis es dedueix de la quota de liquidació a mesura que la renda s’imputi en la base de tributació.