La protecció dels hàbitats aquàtics consisteix especialment a protegir els marges i llits dels cursos i masses d’aigua, i garantir uns cabals ecològics mínims. Amb aquest objectiu es regula la realització d’obres que modifiquin els cursos d’aigua o alterin els llits i marges dels cursos i masses d’aigua, i s’apliquen mesures de protecció especials per tal d’assegurar la reproducció de les espècies.